Dès le début cependant, et de plus en plus vivement au fur et à mesure du regard critique que la science occidentale portait sur elle-même, certains de ces scientifiques ont relativisé la portée, voire refusé le processus de ces analyses. L'objection bien connue est que le regard jeté de l'extérieur sur une société donnée, par les ressortissants d'une autre société, fussent-ils scientifiques, est nécessairement réducteur ou déformant. Dans le pire des cas, il est animé d'une volonté de conquête ou d'assimilation implicite ou explicite. Aussi les plus radicaux des chercheurs ou intellectuels occidentaux défendant ce point de vue, dit post-moderne ou communautariste par le monde académique américain, est de prêcher l'abstention pure et simple.

Les ressortissants des sociétés ainsi analysés partagent généralement ce point de vue, quand ils sont amenés à s'exprimer. Ils refusent le plus souvent l' "impérialisme " de la science occidentale, le point de vue " wasp " (white, anglo-saxon, protestant…et male), le paganisme, et toutes autres agressions culturelles qu'ils détectent dans des recherches se présentant à tort comme objectives. Quant ils ne s'expriment par la voie académique, ils manifestent leur opposition autrement, en s'isolant ou en menant franchement des opérations de guerilla.

Faut-il en rester là ? Ce n'est pas possible car la question ne cesse de se poser sous des formes renouvelées. D'une part, les "progrès" de la culture scientifique occidentale mettent de plus en plus d'outils d'analyse et de modélisation à la disposition des chercheurs. D'autre part les comportements, groupes sociaux et sociétés posant des problèmes aux sociétés occidentales semblent à tort ou à raison de plus en plus nombreux et dangereux. Il paraît donc de plus en plus nécessaire de les analyser, soit pour les comprendre et trouver avec elles des terrains d'entente, soit pour les combattre.

Les progrès des outils d'analyse est indiscutable, si l'on se place au regard des critères d'une bonne démarche scientifique telle qu'elle enseignée en occident. Ils se caractérisent de nombreuses façons. L'une des plus significative est ce que Edward. O. Morgan appelle dans son dernier lire la " consilience ". Il s'agit d'une démarche interdisciplinaire réunissant les outils et méthodes des diverses sciences humaines (y compris économie et politique), de la génétique ou plutôt de la sociobiologie (débarrassée de ses excès), de la neurologie et finalement de l'intelligence artificielle et de la vie artificielle…sans exclure de nombreuses autres sciences pouvant intervenir dans une cognition évolutive considérée comme une forme éminente d'adaptation et de survie des sociétés humaines modernes. Il nous paraît indiscutable en effet que nous trouvions là des outils d'analyse, de simulation et finalement d'invention sociétale qu'il est désormais impossible de négliger . Il est d'ailleurs nécessaire de nous les appliquer à nous-mêmes en premier lieu, pour comprendre nos propres comportements et nos propres organisations.

Mais dans le même temps, les sociétés se présentant comme hétérogènes à la société scientifique occidentale prennent de plus en plus d'importance, et paraissent de moins en moins résolues à se laisser assimiler. Ce phénomène peut se présenter de façon relativement pacifique. C'est le cas du développement du sentiment religieux dans le monde. Des prévisions pour le 21e siècle auxquelles s'est associée la Revue Futuribles, font état d'une explosion de la religiosité. Ceci peut poser problème aux scientifiques matérialistes, qui sont tentés de chercher des explications scientifiques à ce phénomène. Plus grave sont les situations de conflit plus ou moins ouvertes, provenant de groupes réputés (peut-être à tort) comme inassimilables : les Talibans en Afghanistan, les groupes d'extrême-violence aux Etats-Unis et même en Europe.

Que doivent faire les scientifiques (appelés souvent à conseiller les politiques) face à ces situations ? Mener de l'extérieur des analyses qui seront certainement déformantes, mais qui permettront sans doute pourtant d'y voir un peu plus clair ? Proposer aux ressortissants de ces sociétés de s'associer à de telles analyses, ne fut-ce que pour leur donner l'occasion de voir plus clair en eux-mêmes, à supposer qu'ils acceptent ce processus ? Ne rien faire en laissant jouer la concurrence darwinienne entre groupes sociaux, avec l'espoir que dans la meilleure des hypothèses des solutions de compromis entre sociétés apparemment incompatibles finiront par survenir.

Nous n'avons évidemment pas de solution simple à proposer. Il semble cependant que nous n'ayons pas le choix. Dès que des outils d'analyse et de simulation nouveaux apparaissent (émergent), il se trouve des hommes pour les utiliser. Nous ne pourrons donc pas refuser de le faire, au nom d'un hypothétique principe de précaution intellectuelle visant à éviter l'expansion de l'impérialisme scientifique occidental. Par contre, il faudra s'efforcer d'ouvrir le plus possible les travaux en question, afin d'éviter de continuer à en faire le point de vue exclusif d'un pouvoir culturel dominant. Les dominés eux-mêmes, nous semblent-ils, ont intérêt à jouer ce jeu, quitte à modifier, sans leur retirer un caractère scientifique minimum, les outils qu'ils décideront de s'appliquer à eux-mêmes.